Die Abteilungen bekam Kluge, wie bereits erwähnt, „in einem, der Verbesserung höchst benöthigtem Zustande“ übergeben. Die Ziele seiner künftigen Tätigkeit waren: „1tens Beschaffung eines zweckmässig eingerichteten Curlocales; 2tens Feststellung einer geordneten Heilpflege; 3tens Hinwirkung auf Verhütung der Weiterverbreitung der Seuche und des Überhandnehmens derselben bei den bereits angesteckten Individuen.“

Zunächst gelang es Kluge, mit Unterstützung durch Rust, die Räumlichkeiten entscheidend zu verbessern. Die venerischen Männer erhielten ein „luftigeres, 44 Betten fassendes, nach der Sonnenseite hin gelegenes Curlocale“. Die bisherigen zwei Zimmer der syphilitischen Frauen wurden modernisiert, und es entstand ein 59 Betten fassendes Krankenzimmer mit verschließbaren Türen. Vermutlich diente dies, außer der Isolation angesichts der vermuteten Infektiosität der Syphilis, insbesondere dem Schutz der delegierten Zöglinge der Pépinière. Hierzu schrieb Altenstein: „Was die Verhütung eines genaueren Umgangs der liederlichen Personen mit den jungen Chirurgen betrifft, so ist allerdings hierüber die grösste Strenge der Aufsicht so wie die strengste Einsperrung und Absonderung der Dirnen und die möglichste Entfernung ihrer Wohnungen von den der Chirurgen nothwendig.“ Nur verantwortungsbewußte Krankenwärter und -wärterinnen wurden für einen erhöhten Lohn angestellt, um so „Subjekte, die sich keiner Betrügereien schuldig machen und ebensowohl jeden Besuch, wie jede Zuführung von Nahrungsmitteln, zurückweisen, hier fixiren zu können.“ (Die Höhe des Lohnes für die Krankenwärter der Syphilitischen ließ sich nicht klären. Zur Bezahlung des normalen Personals siehe E. Horn, 1818, S. 40: „Wenn sie alle ihre Pflichten, auch solche, die in dieser Instruktion nicht benannt sind, die aber zur Erhaltung guter Ordnung und zur Beförderung des Wohls der Anstalt abzwecken, pünktlich erfüllen, so erhalten sie jeder, außer den 3 Gr. für eine Nachtwache, monatlich 1 Rthlr., freie gute Kost und Bier, und wenn sie sich ihres Dienstes mit Fleiß, Ordnung und Aufmerksamkeit annehmen, und keine Klage über sie geführt wird, zum Neuen-Jahre noch eine ihrem Betragen angemessene Gratifikation.“)

Nach Schaffung der räumlichen und organisatorischen Voraussetzungen legte Kluge nun ein „durch Erfahrung bewährtes und darum als feste Satzung aufgestelltes Cur-Verfahren“ fest. Außerdem erprobte er neuartige Heilmethoden der Syphilis. Die Resultate seiner klinischen Untersuchungen teilte er in vierteljährlichen Berichten dem Kultusministerium mit. Die Voraussetzung zur Einschätzung der bisherigen angewandten Heilmethoden war die genaue und zugleich einfache Führung der Krankengeschichten. Kluge entwickelte gedruckte tabellarische Nachweisungen, die am Bett des Kranken in einer Holz-Klammer befestigt und täglich aktualisiert wurden. Auf den Blättern waren die persönlichen Daten der Kranken, die zu verabreichenden Medikamente und die durchzuführende Diät vermerkt. Daneben wurde eine „Tabellarische Uebersicht der Krankheits- und Kur-Vorgänge“ angefertigt, die am ehesten einer heutigen Abschlußepikrise entsprach. Sie enthielt wiederum persönliche Angaben des Patienten, aber auch „medicinisch-policeiliche Nachweisungen“, Angaben über frühere und derzeitige Krankheiten sowie die zusammengefaßte medizinische bzw. chirurgische Behandlung. Die nach der Entlassung des Patienten vervollständigten Unterlagen gelangten letztlich in die Registratur der Charité, um archiviert zu werden.

Das nach jedem offensichtlichen Heilerfolg die Syphilis erneut ausbrechen kann, war Kluge bewußt. Er schrieb: „Bei wie vielen meiner Kranken das Uebel, ungeachtet der sorgsamsten Heilpflege von meiner Seite, recidivirt, vermag ich nicht genau zu bestimmen“. Die Bettenanzahl der venerischen Abteilungen verhinderte grundsätzlich eine lange Beobachtung der geheilten Patienten. Erschwerend kam hinzu, daß die von Kluge vorgeschlagenen medizinisch-polizeilichen Untersuchungen der Berliner Bevölkerung dazu führten, daß zunehmend venerische Kranke hospitalisiert wurden. Zeitweise mußte die Überwachung der Rezidiventwicklung auf nur sieben Tage beschränkt werden. Dies war „aber viel zu kurz, um auch nur mit einiger Gewissheit (denn völlige Gewissheit ist hier unmöglich) sagen zu können, der Kranke sey geheilt.“ Besonders die Dienstboten, Tagelöhner und Handwerker („Noch grösserer Nachtheil geht für die Tagelöhner und Dienstboten hervor, welche mehr sich selber überlassen bleiben und nicht immer den guten Willen haben, sich zeitig genug von selbst zu einer Cur zu melden, bei welcher sie eine schmale Kost führen und für die sie nachher bezahlen oder Zwangsarbeit leisten müssen.“) konnten in den seltensten Fällen nachuntersucht werden.

Dagegen standen besonders die Bordellmädchen unter ständiger medizinischer Kontrolle durch einen Wundarzt. Bereits die „Verordnung wider die Verführung junger Mädgen zu Bordels, und zur Verhütung der Ausbreitung venerischer Uebel“ aus dem Jahre 1792 bestimmte im Paragraph zehn, daß bestellte Wundärzte die Huren auf venerische Krankheiten untersuchen können. Zudem fand sich in jedem Bordell „eine von der Sachverständigen Behörde abgefassete gedruckte Anweisung, an welchen Zeichen und Empfindungen eine geschehene Ansteckung und der Anfang einer venerischen Krankheit zu erkennen sey“. Vermutete eine Prostituierte die eigene Infektion, hatte sie sofort den Bordellwirt und den zuständigen Wundarzt zu informieren. Das Nichtanzeigen der venerischen Erkrankung wurde streng bestraft. Um die Kostenfrage für die Behandlung regeln zu können, wurde eine Hurenheilungskasse eingerichtet. In diese zahlte „jeder Bordelwirth monatlich für jede Lohnhure, die er hält, Sechs Groschen“ an den zuständigen Wundarzt. Infolge dessen konnte nun jede infizierte Prostituierte, ohne weitere Kosten tragen zu müssen, sofort in der Charité behandelt werden. Es ist kaum anzunehmen, daß es durch diese Bestimmungen vollständig gelang, die gesundheitliche Kontrolle der Bordellhuren zu realisieren. Außerdem verdienten auch „Einzelne auf ihre eigene Hand“ oder „im Finstern auf den Straßen herumwankende Gassenhuren“ ihren Unterhalt mit der Prostitution. Für diese Frauen galten zwar die gleichen gesetzlichen Bestimmungen, jedoch ist zweifelhalt, ob sie durchgesetzt werden konnten.

Zusammenfassend ist zu konstatieren, daß es Kluge bis zum Jahre 1826 gelang, die Behandlung der venerischen Kranken der Charité zu verbessern. Zudem begann er im Jahre 1825 mit praktischen Unterweisungen über venerische Krankheiten und vervollständigte so die Lehrangebote für Berliner Studenten.