Nach seiner halbjährlichen Tätigkeit als Subchirurg an der Charité begann Kluge im November 1804 seine militärärztliche Laufbahn am adligen Kadetten-Corps zu Berlin. Offenbar diente Kluge unter dem Regiments-Chirurgen Johann Jakob Voeltzke (1764-1836) bis zum Oktober 1806 im Berliner Kadetten-Corps. In diesem Zeitraum (13.9.1806) promovierte Kluge an der Universität Erfurt. Seine Inaugural-Dissertation trug den Titel „De iridis moti“.

Im Herbst 1806 verschärften sich die politischen Gegensätze zwischen Preußen und dem napoleonischen Frankreich. Friedrich Wilhelm III. (1770-1840) befahl die Mobilmachung der preußischen Armee und forderte im Oktober 1806 ultimativ den Abzug der französischen Truppen aus Süddeutschland. Der französische Kaiser Napoleon Bonaparte (1769-1821) bereitete nun seinerseits einen Krieg vor. In der  Doppelschlacht von Jena und Auerstädt am 14.10.1806 schlug er das preußische Heer vernichtend. Friedrich Wilhelm III. flüchtete nach Ostpreußen, während französische Truppen die Hauptstadt Berlin besetzten.

 Am 22.10.1806 erging an den Chef des Kadetten-Corps Friedrich von Lingelsheim (1757-1835) die Order, mit sechs Offizieren, einem Feldwebel, zwei Chirurgen, fünf Aufwärtern und 150 Kadetten die preußische Hauptstadt zu verlassen. Kurz darauf reisten 250 Kadetten mit Begleitpersonal von Berlin über Küstrin, Stargard, Cöslin, Stolp, Elbing nach Königsberg. Offenbar befand sich Kluge im Begleitpersonal des Kadetten-Corps. Seine Ernennung zum Ober-Chirurgen des Kronprinzen Friedrich Wilhelm (1795-1861) am 1.1.1807 korrelierte mit der Auflösung des Corps und der Integration der Kadetten in die preußische Armee. Zu diesem Zeitpunkt weilte die königliche Familie ebenfalls in Königsberg.

Der erste dirigierende Arzt der Charité Christoph Wilhelm Hufeland (1762-1836), der zugleich Leibarzt des Königs Friedrich Wilhelm III. war, begleitete die königliche Familie auf ihrer Flucht von Berlin über Königsberg bis nach Memel. Aufgrund des kalten Winters traten häufig Erkankungen auf. So klagte am Morgen des 23.3.1807 auch der Kronprinz Friedrich Wilhelm über Unwohlsein. Hufeland verordnete Bettruhe, und das Befinden des Kronprinzen besserte sich kurzzeitig. Nach einer Fahrt zum königlichen Hof kehrte er jedoch leichenblaß zurück. Sowohl Hufeland als auch Kluge „fanden Zeichen des Scharlachfiebers und drangen auf Absonderung des Prz. Wilhelm.“ Am 30.3. nahm der Husten des Kronprinzen weiter zu. Kluge verordnete ein Senfpflaster. Am folgenden Tag fühlte sich der Kronprinz besser. Nachdem er jedoch eine Fleischbrühe gegessen hatte, erbrach er in Folge eines starken Hustenanfalls. Einen Tag später hatte der Kronprinz „wieder heftiges Nasenbluten gehabt, litt an den Zähnen und wollte nicht eßen.“ Hufeland machte den Genuß der Brühe für die Zustandsverschlechterung verantwortlich und empfahl die Fortführung der Wassersuppendiät. Gegen das heftige Nasenbluten verordnete er einen Trank aus Cremor Tartar. Als Kluge am Abend nochmals nach dem Kronprinzen sah, fand sich ein durchbrechender Zahn. Das Befinden des Patienten besserte sich nun langsam. Der erneut zunehmende Husten wurde durch Kluge nun mit einer spanischen Fliege therapiert. Heftige Zahnschmerzen und Hustenanfälle beeinträchtigten den Kronprinzen auch an den folgenden Tagen. Erst am 19.4. verließ er zum erstenmal das Bett und speiste am Tisch. Sein Zustand besserte sich nun stetig. Am 1.5. „kam Kluge zum zweiten Male und verfügte eine Durchräucherung des Krankenzimmers mittelst alkalischer Säuren und beendete damit die Behandlung des Kronprinzen. Leider fanden sich keine Aussagen, an welcher Krankheit er tatsächlich gelitten hatte. Auch fehlen genaue Beschreibungen der Krankheitssymptome in den zitierten Aufzeichnungen.

Die geschilderte Krankengeschichte zeigt, daß Kluge im Einvernehmen mit Hufeland den Kronprinzen behandelte und dabei zum Teil bereits eigene Therapiemethoden anwandte. Nach dieser Bewährung in der Praxis kehrte Kluge im Jahre 1809 an die Berliner Pépinière zurück.